SMP Negeri 3 Pleret memiliki laboratorium yang digunakan sebagai penunjang dalam kegiatan belajar mengajar, salah satunya adalah laboratorium komputer. Laboratorium komputer merupakan sebuah ruangan yang disediakan sekolah untuk menunjang berbagai kegiatan pembelajaran yang membutuhkan komputer dan juga jaringan internet. Pada ruangan ini, terdapat berbagai fasilitas seperti komputer, papan tulis, proyektor, meja, kursi, dan lainnya. Jumlah komputer di ruangan ini sebanyak 38 di ruang 1 dan 27 di ruang 2. Terdapat juga fasilitas wifi dan jaringan. Kegiatan yang biasa dilakukan di laboratorium ini antara lain adalah pembelajaran dengan menggunakan komputer. Selain itu, laboratorium komputer juga dapat digunakan untuk berbagai mata pelajaran yang membutuhkan fasilitas komputer untuk menunjang agar KBM dapat terlaksana dengan baik dan juga dapat digunakan untuk melakukan ujian secara online.
