Beberapa ekstrakurikuler yang dilaksanakan di SMPN 3 Pleret antara lain:
1. Pramuka
Pramuka dilaksanakan setiap hari Kamis jam 15.00, yang diikuti oleh seluruh siswa kelas 7. Pramuka merupakan ekstrawajib bagi siswa kelas 7.
2. Ekstra majalah dinding
Ekstra ini diikuti oleh semua siswa kelas 7 dan 8. Pelaksanaan ekstra pada hari jumat jam 11.00 WIB.
